Chữ ký số có thể sử dụng trong các giao dịch thư điện tử, các e-mail, để mua bán hàng trực tuyến, đầu tư chứng khoán trực tuyến, chuyển tiền ngân hàng, thanh toán trực tuyến mà không sợ bị đánh cắp tiền như với các tài khoản Visa, Master. Ngoài ra, Chữ ký số cũng có thể dùng để kê khai, nộp thuế trực tuyến, khai báo hải quan và thông quan trực tuyến mà không phải mất thời gian đi in các tờ khai, đóng dấu đỏ của công ty rồi đến cơ quan thuế xếp hàng để nộp tờ khai này. Chu ky so giúp cho các đối tác có thể ký hợp đồng làm ăn hoàn toàn trực tuyến không cần ngồi trực tiếp với nhau, chỉ cần ký vào file hợp đồng và gửi qua e-mail.